Dopo lo scontro con Scar, Edward si trova con il suo braccio completamente distrutto e anche l'armatura di Alphonse è seriamente danneggiata. I due fratelli tornano quindi nel loro villaggio per chiedere a Winry e sua nonna Pinako di costruire una nuova auto-mail per Ed. Subito dopo tornano a Central City per continuare le ricerche sulla Pietra Filosofale: ma qui una brutta sorpresa li attende!