Mentre Morpheus e Trinity si rivolgono al Merovingio per liberare Neo intrappolato nella Stazione, Zion vive i suoi momenti più difficili sotto l'attacco incombente. Intanto il potere dell'agente Smith è cresciuto a tal punto da minacciare il dominio delle macchine stesse: toccherà a Neo, che è riuscito a penetrare nel mondo reale, trattare la libertà di Zion in cambio dell'annientamento dell'agente.)