Anno 2034, il volto del terrorismo è cambiato! Ormai non ci esistono più limiti imposti dal mondo fisico e la guerra al terrore è esplosa nella rete. Il maggiore Motoko Kusanagi ha lasciato la Sezione 9 da ormai due anni quando la squadra è chiamata a indagare su una serie di misteriosi suicidi. All'inizio Togusa e i suoi uomini pensano che sia da collegarsi a un attentato terroristico ma la presenza di alcuni bambini rapiti porta ad aprire nuove ipotesi. Nessuno sarà al di sopra di ogni sospetto, neanche il maggiore Kusanagi!)