Le cose si fanno sempre più difficili per il nostro investigatore occhialuto: entra infatti in scena un nuovo uomo in nero! In che rapporti sarà con Amuro e Akai, uniti a lui da un profondo legame che affonda le radici nel passato? Si concluderanno intanto i casi relativi all'omicidio al ristorante italiano, agli strani clienti di un locale di ramen e al delitto commesso durante le riprese di un film sugli zombie, che Conan cerca di risolvere insieme a Heiji!
Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!)