La verità sul contrasto tra l'agente dell'FBI Akai e Amuro della Pubblica Sicurezza, con le loro rispettive visioni della giustizia, viene finalmente a galla. Inoltre si assisterà a vari tentativi per avvicinarsi all'organizzazione degli uomini in nero, come quello incentrato sul rapporto tra Sera e sua sorella minore arrivata dall'estero. E come si evolverà l'amore tra Heiji e Kazuha?
Shinichi Kudo è un brillante liceale abilissimo nel risolvere qualunque enigma o caso di omicidio, anche il più complesso. Un giorno viene catturato da dei misteriosi uomini in nero e viene costretto a bere una strana medicina che lo trasforma in un bambino delle elementari... Da quel momento diverrà Conan, il piccolo detective più famoso del Giappone!)