È stato uno scrittore, poeta, filosofo, saggista, statista e teologo inglese.
Educato e cresciuto in un ambiente caratterizzato da un puritanesimo di matrice umanistica, il ragazzo compie i suoi studi fino al conseguimento della laurea presso il Christ's College di Cambridge.
Il giovane non tarda però a manifestare la sua insoddisfazione verso il clero anglicano e i rigidi paletti da esso imposti.
In parallelo matura il suo interesse per la poesia.
A un certo punto rinuncia a prendere gli ordini, e si consacra alla scrittura e al lavoro intellettuale.
Fra il 1632 e il 1638 vive nel Buckinghamshire assieme al padre, che è notaio e compositore di musica,
Qui, libero da ogni preoccupazione, può dedicarsi a tempo pieno allo studio dei classici, e della storia ecclesiastica e politica.
In particolar modo, studia i testi di grandi umanisti come Bembo, Dante, Francesco Petrarca e Torquato Tasso. 
Negli anni seguenti, compie diversi viaggi in Svizzera, Francia e Italia.
Ed è proprio nel corso di un viaggio in Italia, Milton incontra Galileo Galilei, ma non riuscirà ad arrivare in Sicilia e in Grecia - mete prefissate del suo pellegrinaggio - a causa della minaccia della guerra civile che sta per scoppiare in Inghilterra.
Torna in patria e si stabilisce a Londra.
Qui si dedicherà all'insegnamento e alla scrittura di trattati religiosi e politici.
Nel 1642 contrae matrimonio con una ragazza di diciassette anni, Mary Powell, figlia di un monarchico, la quale abbandonerà Milton appena un mese dopo averlo sposato.
I due si riconcilieranno tre anni dopo, ma nel frattempo l'esperienza vissuta ha portato Milton a scrivere (e far pubblicare) un'apologia sul divorzio (Dottrina e disciplina del divorzio, 1643).
Nel 1646 muore il padre, cosa che comporta un improvviso miglioramento delle condizioni finanziarie di Milton. Lascia l'insegnamento, ma è solo a partire dal 1658 che si consacrerà in modo esclusivo all'attività di letterato.
La sua carriera lo porta a ricoprire anche cariche di Stato: quando l'Inghilterra viene lacerata da una complicata guerra civile egli, con i suoi scritti, si fa portavoce della causa parlamentare e sposa le posizioni di Cromwell.
Grazie alla prevalsa di quest'ultimo, Milton può godere di molti appoggi alle sue convinzioni e alle sue idee.
Nel 1649 viene nominato segretario degli Affari esteri. 
Pochi anni dopo, nel 1652, è vittima di una malattia che lo porta rapidamente alla cecità: per poter continuare nella sua attività di scrittore, dovrà ricorrere all'aiuto di un segretario.
Nel 1652 muore la moglie.
Si risposerà altre due volte e complessivamente avrà sette figli.
 Dopo la restaurazione di Carlo II, Milton viene incarcerato perché simpatizzante di Oliver Cromwell. Con l'influenza dell'amico e studente Andrew Marvell (che successivamente diverrà anch'egli poeta) riesce a ritrovare la libertà.
Il capolavoro letterario di John Milton è senz'altro il celbratissimo poema epico Paradiso perduto (Paradise Lost), pubblicato in una prima edizione di 10 volumi nel 1667 quando Milton - essendo divenuto completamente cieco e rimasto senza soldi - ne vendette i diritti per sole 10 sterline.
La seconda edizione, risalente al 1674, conta 12 volumi.
Assieme a quest'opera, pubblica anche Sansone Agonista, una tragedia in cinque atti ispirata alle vicende bibliche di Sansone e Dalila.
Nel 1671 esce il Paradiso riconquistato.
Non solo grazie al suo lavoro più noto, Milton viene considerato uno dei letterati britannici più influenti dell'epoca successiva a quella di Shakespeare.