Formato alla luce della svolta del Concilio Vaticano II e ordinato sacerdote nel 1981 dall'Arcivescovo di Napoli il Cardinale Corrado Ursi, deve la sua formazione spirituale a Giacomo Nardi e l'insegnamento pastorale a Luigi Pignatiello. Ha conseguito il dottorato in teologia e le lauree in pedagogia e filosofia. Insegna teologia pastorale presso la Pontificia Facoltà Teologica dell'Italia Meridionale San Tommaso d'Aquino e Storia del cristianesimo presso l'università Suor Orsola Benincasa. Collabora con la cattedra di economia e gestione delle imprese tenendo seminari sull'etica d'impresa presso la Facoltà di Economia dell'Università degli studi di Napoli Federico II.
Don Giovanni Matino è parroco nella sua città dal 1986 della parrocchia della SS. Trinità che comprende i quartieri Vomero e Chiaia, zone della Napoli bene, dove indubbiamente non vi sono gli spinosi e ardui problemi dei quartieri più deprivati, ma dove una vera evangelizzazione risulta essere altrettanto difficile perché a volte nelle zone borghesi la gente crede di poter comprare ogni cosa, compresa la salvezza. Opera nel terzo mondo soprattutto in India a favore di tanti bambini che vivono nel degrado. Ha scritto per le Edb di Bologna La tenerezza di un Dio diverso, Nostalgia di cielo e Aspettando Natale.