La sua produzione, molto vasta, comprende diverse raccolte di racconti, fra le quali citeremo almeno I giorni mascherati (1954), Cantare di ciechi (1964), Acqua bruciata (1981), e una dozzina di romanzi: L’ombelico della luna (1962), Zona sacra (1967), Terra nostra (1975), Le relazioni lontane (1980), Cristóbal Nonato (1987), Diana o la cacciatrice solitaria (1994), Gli anni con Laura Díaz (1999), L’istinto di Inez (2001), Il trono dell'aquila (2008). Fuentes ha offerto, con il suo corpus letterario, una descrizione dinamica della società messicana, utilizzando a volte tecniche narrative di sapore sperimentale per evocare stati onirici o allucinatori.
Il suo libro forse più celebre resta comunque La morte di Artemio Cruz.
Degno di nota anche il lavoro teatrale, raccolto in I regni originari (1971).
Ambasciatore messicano in Francia, è stato ispirato nella sua produzione dalla sua conoscenza approfondita dei meccanismi che presiedono alle relazioni fra culture e paesi diversi. Come saggista ha pubblicato (tra l’altro) uno studio sul romanzo contemporaneo ispanoamericano Geografia del romanzo (1993), Tutti i soli del Messico (Nuevo tiempo mexicano, 1995), In questo io credo (2002), un libro dalla cifra ibrida, a metà fra saggio critico e memoriale.