Professore dell'università di Sinaloa, è uno dei più attivi intellettuali del suo Paese.
Tra il 1978 e il 1995 pubblica cinque raccolte di racconti e due reportage letterari.
Nel 1999 esce il suo primo romanzo, Un asesino solitario, che viene subito elogiato dalla critica e ha reso Mendoza "il primo scrittore che ricostruisce con efficacia l'effetto della cultura del narcotraffico sul Messico".
Pochi anni dopo pubblica El amante de Janis Joplin, vincitore del XVII premio Nacional de Literatura, e Efecto Tequila, finalista del premio Dashiell Hammett.
Nel 2006 esce il suo quarto romanzo, Cóbraselo caro.
Proiettili d'argento, vincitore della terza edizione del premio Tusquets, è il suo primo libro tradotto in italiano. Nel 2012 La Nuova Frontiera pubblica il suo Il cartello del pacifico.