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Protein Homology Detection Through Alignment of Markov Random Fields
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Protein Homology Detection Through Alignment of Markov Random Fields
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This work covers sequence-based protein homology detection, a fundamental and challenging bioinformatics problem with a variety of real-world applications. The text first surveys a few popular homology detection methods, such as Position-Specific Scoring Matrix (PSSM) and Hidden Markov Model (HMM) based methods, and then describes a novel Markov Random Fields (MRF) based method developed by the authors. MRF-based methods are much more sensitive than HMM- and PSSM-based methods for remote homolog detection and fold recognition, as MRFs can model long-range residue-residue interaction. The text also describes the installation, usage and result interpretation of programs implementing the MRF-based method.
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Autore:
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Anno edizione:2015
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Editore:
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Formato:
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Lingua:Inglese
Compatibilità:
Tutti i dispositivi (eccetto Kindle) Scopri di più
Layout:
Reflowable
EAN:
9783319149141
Formato:
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