Nell'anno 5738, dopo 3719 anni di pietrificazione a causa di un misterioso cataclisma, l'adolescente Taiju Oki si risveglia in un mondo dove la natura ha preso il sopravvento e ogni traccia di civiltà è stata spazzata via. In questa realtà primitiva, si ricongiunge con il suo brillante amico Senku, un giovane scienziato già risvegliato, che ha un'ambizione audace: riportare l'umanità al suo antico splendore, ricostruendo la civiltà dalle fondamenta.
Dr. Stone, scritto da Riichirō Inagaki e magistralmente illustrato da Boichi, è stato serializzato sulla rivista Weekly Shōnen Jump di Shūeisha dal 2017 al 2022, per un totale di 26 volumi, con un ventisettesimo volume speciale pubblicato nel 2025. In Italia, la pubblicazione è stata curata da Star Comics dal 2018. Dato il suo successo internazionale, ampliato nel 2019 con l'uscita di un adattamento anime targato TMS Entertainment, Dr. Stone ha dato vita a una miniserie spin-off, Dr. Stone Reboot: Byakuya, che esplora le origini di uno dei personaggi chiave della serie.