Nove mesi dopo la dipartita di Joker in Batman: Arkham City, a Gotham sembra regnare una certa tranquillità. Ma è solo la classica quiete prima della tempesta: all'orizzonte infatti, si staglia minacciosa la figura di Spaventapasseri, deciso a far esplodere una serie di bombe contenenti un nuovo ceppo della sua tossina chimica allucinogena. Dopo l'evacuazione della città in seguito ad un primo attentato, a difenderla restano così un manipolo di agenti di polizia capitanati dal commissario James Gordon, e Batman, coadiuvato da un gruppo di alleati. Per il Cavaliere Oscuro la battaglia si preannuncia aspra come non mai: tormentato dai suoi demoni interiori, dilaniato nel più profondo dell'animo dai rimorsi e da una figura che lo accompagna idealmente ad ogni passo, l'eroe deve vedersela anche con un nuovo nemico, il Cavaliere di Arkham, personaggio che Rocksteady Studios ha ideato lavorando a stretto contatto con Geoff Johns, direttore creativo di DC Comics Entertainment. Vendicativo e dalle tendenze psicopatiche, ma al contempo intelligente, paziente e calcolatore, questa sorta di nemesi di Batman sembra conoscerne in anticipo le mosse, nonché molti dei suoi segreti, e lavorerà quindi su questi e altri elementi per sfidarlo a viso aperto sul campo. Il suo obiettivo finale, come del resto quello di altri malfattori come Due Facce e il Pinguino, non è solo quello di mettere le mani sulla città, ma anche di distruggere definitivamente il supereroe, annichilendolo colpo dopo colpo sia dal punto di vista psicologico sia fisico. Un destino che, per questioni personali vorrebbe riservargli anche la folle e sensuale Harley Quinn. L'avventura vera e propria ha inizio alla vigilia di Halloween, con l'Uomo Pipistrello che sotto un violento nubifragio sorveglia dall'alto le strade, in una città praticamente vuota, a parte qualche pattuglia di polizia e orde di malfattori che sciamano per le strade. Il colpo d'occhio offerto al giocatore da questa prima scena è a dir poco eccezionale, con una Gotham che vista dall'alto sembra viva, con le bande che compiono atti vandalici, rapinano le banche o litigano tra di loro, gli agenti che a bordo delle volanti inseguono i criminali o vengono a loro volta inseguiti da questi ultimi, decisi a ucciderli.
