Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni chiamati Amanto che conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai... Takasugi guida il Kiheitai, che complotta nell'ombra dopo aver stretto un patto con i pirati spaziali Harusame, mentre Kamui comanda la settima divisione, l'unità più forte degli Harusame... E i due, che i pirati considerano alquanto pericolosi, entrano in contatto! A seguire, un famoso eremita con poteri miracolosi, l'appuntamento galante di Kondo, Kyubei alle prese con un macaco, un funerale, gli occhiali di Sarutobi, e tanto altro!)