Francesca Immacolata Chaouqui è stata membro della Pontificia Commissione Referente di studio e di indirizzo sull'organizzazione della struttura economico-amministrativa della Santa Sede (COSEA), istituita con Chirografo del 18 luglio 2013, al fine di raccogliere informazioni per il pontefice, in cooperazione con il Consiglio dei Cardinali per lo studio dei problemi organizzativi ed economici della Santa Sede. La Commissione è stata soppressa il 22 maggio 2014. Dalla divulgazione di alcune notizie ha avuto origine il cosiddetto scandalo «Vatileaks 2» e il relativo processo in Vaticano.
Su queste vicende nel 2017 ha pubblicato con Sperling & Kupfer Nel nome di Pietro. Ricchezze, affari, intrighi e scandali. Dalle carte segrete della commissione del papa. È invece incentrato sull'amicizia con la giornalista scomparsa Maria Giovanna Maglie, il successivo E se avessi ragione tu? La vita, la politica, il giornalismo, i segreti di Maria Giovanna Maglie (Piemme 2024).