La storia di Nuovi Equilibri coincide con quella di Stampa Alternativa. Nell'autunno del 1970, a Roma, Marcello Baraghini fonda la testata periodica "Stampa Alternativa", sul modello delle Alternative Press inglesi e americane, per dar voce a quel movimento di controcultura italiano che per tutti gli anni Sessanta aveva espresso nuove e originali forme di vita, arte e comunicazione oltre che alla componente libertaria, rimasta orfana del movimento sessantottino. L'attività, agli inizi, si svolge come agenzia di controinformazione, attraverso una scarna pubblicazione periodica, numerosi opuscoli e altresì come assistenza e servizi su problemi nuovi, scottanti, borderline: droga, aborto, obiezione di coscienza. Nascono collane editoriali come la storica "Fiabesca", tuttora in produzione e che ha ospitato grandi successi come Favola d'amore di Hermann Hesse e molti altri classici della letteratura; le collane "Container Arte" e "Jazz People", la prima dedicata a grandi pittori e la seconda ai maggiori musicisti jazz del mondo, che per qualità e prezzi di copertina segnano tutti gli anni '80. Per esigenze di commercializzazione e promozione in questo periodo a Stampa Alternativa si affianca una società, Nuovi Equilibri, tuttora operativa.
È nel 1989 che si fa strada l'idea di portare alle estreme conseguenze il discorso del libro economico, anzi supereconomico, di qualità, per di più sorprendente e provocante. L'idea si concretizza nella collana dei libri "Millelire", che per tutto il decennio rivoluzionano il mercato editoriale non solo italiano - come testimonia anche l'inserimento nell'Enciclopedia Garzanti alla voce "Millelire" -, e la pubblicazione di libricini tuttora ever green come Lettera sulla felicità di Epicuro o Le parole di Alda Merini. Nel 1994 la casa editrice inizia una lunga e proficua collaborazione con uno dei geni del fumetto italiano, Benito Jacovitti, con la pubblicazione del suo Pinocchio e successivamente di tutte le sue maggiori opere.
Nel 1997 nasce la collana "Eretica" che ospita grandi successi come Banca bassotti, Quattro sberle in padella, Diario di un pedofilo. Dal 2000 nascono nuove collane musicali come "Sonic Book", "Rock People", "New Jazz People", "Sconcerto", o di approfondimento come "Eretica Speciale", "Scritture" ed "Ecoalfabeto", quest'ultima interamente dedicata alla difesa dell'ambiente e dei diritti degli animali.