Franco Cosimo Panini fonda la casa editrice che porta il suo nome nel 1989, dopo la cessione della celebre azienda di figurine creata insieme ai fratelli. Sino ad allora il nome Panini è sinonimo di album di figurine: un successo di scala globale che ha inizio nel 1960 con la pubblicazione della prima, storica raccolta dedicata ai calciatori.
Il 1989 è l'anno della svolta. I fratelli Panini vendono l'azienda di figurine e Franco Cosimo ne rileva la Divisione Libri, fondando una nuova casa editrice: la Franco Cosimo Panini Editore. Il logo scelto per la casa editrice è ispirato alla marca tipografica di Domenico Rococciolo, il primo stampatore modenese - rivela la grande passione di Franco Cosimo per i libri antichi, che ama collezionare, ma anche lo stretto legame con la propria città, Modena, dove ha sede la casa editrice. Nell'ambito dei libri d'arte - il "cuore" della casa editrice - Franco Cosimo Panini lancia due ambiziosi progetti, entrambi di altissimo valore scientifico e culturale: da una parte la pubblicazione di edizioni in facsimile di preziosi codici miniati, iniziata con la realizzazione della celebre Bibbia di Borso d'Este; dall'altra la nascita della collana "Mirabilia Italiæ", la più completa ed esauriente serie di volumi mai realizzata sui principali monumenti del nostro Paese. Progetti editoriali che valgono alla casa editrice il Premio alla Cultura per l'anno 2002, conferito dalla Presidenza del Consiglio dei Ministri. Tra le numerose pubblicazioni d'arte e storia realizzate negli anni seguenti, si distingue in particolare la collana firmata da Dario Fo e dedicata ai più grandi pittori italiani, ispirata alle lezioni d'arte dello stesso Premio Nobel.
Da un'intuizione della figlia Laura - al fianco del padre nella guida della casa editrice - nel 1992 nasce Comix, un giornale di umorismo e fumetti che lancia personaggi come Fabio Fazio, Luciana Littizzetto, Fabio De Luigi e Daniele Luttazzi. L'enorme successo del tabloid porta alla pubblicazione di una collana di libri umoristici e, nel 1994, dell'omonima agenda scolastica. Sarà proprio quest'ultima a diventare in poco tempo il prodotto più popolare della casa editrice.
Nel frattempo Franco Cosimo Panini rileva la Malipiero di Ozzano Emilia, marchio storico dell'editoria per ragazzi e per il canale della cartolibreria. Nasce così la Franco Panini Scuola, specializzata nella produzione e distribuzione di articoli di cartotecnica per la scuola, accessori per il tempo libero, gadget e idee regalo. Fra marchi di proprietà e marchi in licenza, il patrimonio dell'azienda arriva a comprendere oltre venti brand noti a livello nazionale e mondiale. L'acquisizione della Malipiero segna anche l'ingresso nel settore dell'editoria per bambini, dapprima con il marchio Franco Panini Ragazzi, successivamente come Franco Cosimo Panini Editore. Nel 1994 incomincia il fortunato sodalizio con Altan, con la pubblicazione delle storie di uno dei personaggi più amati dai piccolissimi: la Pimpa. Nel 2001 fa il suo esordio Giulio Coniglio, creato da Nicoletta Costa, che conosce fin da subito uno straordinario successo. Il catalogo si arricchisce di nuovi titoli e nuove collane - dai libri pop-up all'acclamata linea "Zerotre" - e si specializza nella fascia d'età 0-8 anni.