Paideia nasce nei primi anni Cinquanta, prendendo il nome dalla rivista di filologia e linguistica che nel 1946 Giuseppe Scarpat (1920-2008), il fondatore della casa editrice, aveva avviato sotto la direzione di Vittore Pisani. Dopo un decennio circa di pubblicazioni di saggistica per lo più grammaticale, linguistica e di critica letteraria, è con l'inizio degli anni Sessanta che Paideia si fa notare per due novità della sua produzione editoriale: la Tragedia greca di Max Pohlenz e Introduzione al Nuovo Testamento di Alfred Wikenhauser, alla quale nel 1963 fece seguito la pubblicazione del primo fascicolo del Grande Lessico del Nuovo Testamento (in 16 volumi editi tra il 1963 e il 1992). La prospettiva filologica funge da denominatore comune dell'attività editoriale di Paideia. Dedicate alla filologia classica, greca e latina, sono collane come la «Biblioteca di studi classici», «Antichità classica e cristiana» e i «Testi classici». Nella prima sono editi studi di autori celebri come Ronald Syme o Pierre Boyancé, le seconde due contemplano opere soprattutto di autori italiani (i «Testi classici» sono edizioni con testo ori­ginale, traduzione, introduzione e commento di opere latine). Una grande opera in quest'ambito è l'Opera philosophica di Seneca nell'edizione commentata di M.N. Bouillet (6 volumi). Per quanto attiene alle scienze religiose, Paideia si distingue in particolare per la saggistica biblica. I «Testi del Vicino Oriente antico», fungono invece da cerniera tra la produzione filologica classica e la saggistica d'argomento religioso.