Neo, Morpheus, Trinity e il resto della banda continuano a combattere le macchine che hanno schiavizzato la razza umana attraverso Matrix. Durante la loro missione Neo impara a controllare i suoi super poteri, compresa la capacità di vedere il codice delle persone e delle cose che lo circondano. Ma Zion, l'ultima roccaforte del mondo reale è stretta d'assedio e le forze della repressione stanno preparando l'assalto finale. Solo l'Eletto, realizzando la profezia dell'Oracolo, potrà mettere fine alla guerra. Seguito di "Matrix" 1998.)