La casa editrice è nata nel 1957 come "Editore Boringhieri" per iniziativa di Paolo Boringhieri, ex redattore di Einaudi, sulla base di quattro collane della casa madre: la "Biblioteca di cultura scientifica", la "Biblioteca di cultura economica", la collezione di studi religiosi, etnologici e psicologici (la famosa "collana viola") e i "Manuali Einaudi".
La novità del programma editoriale consisteva nella piena integrazione di cultura scientifica e cultura letteraria e filosofica. Questo programma, che Paolo Boringhieri seppe arricchire con la pubblicazione delle Opere di Freud, Jung, Einstein e dei maggiori fisici del Novecento, è stato ripreso con rinnovato vigore nel 1987, quando, avendo Paolo Boringhieri ceduto la proprietà dell'azienda, gli è subentrato Giulio Bollati.
"Temi", "Varianti", "Nuova Cultura", "Pantheon" sono le nuove collane che sin dall'inizio Giulio Bollati affianca a quelle del catalogo ereditato da Paolo Boringhieri, che continuano a essere alimentate e potenziate. Se la collana "Pantheon", destinata ad accogliere i testi fondatori di quella cultura insieme letteraria e scientifica (dal "Caffè" al "Politecnico" passando per la lucida e dolorosa coscienza critica del Leopardi) che Bollati auspicava per una classe dirigente italiana veramente moderna, ha rappresentato l'aspetto più personale, e dunque irripetibile, di un'impresa editoriale prematuramente interrotta, le altre sono un contributo di cui oggi si può misurare tutta la portata. "Temi" in primo luogo, che sulla scia della einaudiana "Nuovo Politecnico" propone contributi non effimeri a una nuova cultura politica basata sulla conoscenza piuttosto che sullo schieramento di parte. "Nuova Cultura" che, dopo il libro di Claudio Pavone Una guerra civile, è diventata sede di una nuova storiografia contemporanea oltre che di contributi fondamentali alle varie discipline umanistiche. Mentre alle "Varianti", forse troppo in anticipo su una idea che solo oggi comincia a essere largamente condivisa, ha sicuramente nuociuto la scomparsa dell'editore (1996). D'altra parte, la continuazione della pubblicazione dei "Saggi scientifici" accanto alla relativa manualistica ha aperto la strada al potenziamento, a partire dal 1998, del programma editoriale riorganizzato nelle quattro aree: arte e letteratura, storia, filosofia e scienze sociali, scienze e psicologia.