Scrittore, germanista e senatore (nella XII Legislatura) italiano. Ha insegnato letteratura tedesca prima presso l'Università di Torino, poi presso quella di Trieste. Impostosi giovanissimo all'attenzione della critica con Il mito Absburgico nella letteratura austriaca moderna (1963, elaborazione della tesi di laurea), è stato fra i primi a rivalutare il filone letterario di matrice ebraica all'interno della letteratura mitteleuropea con Lontano da dove, Joseph Roth e la tradizione ebraico-orientale (1971). Danubio (1986), forse il suo capolavoro, lo consacra come uno dei massimi scrittori italiani contemporanei. Con questo libro vince il Premio Bagutta nel 1986 e successivamente il Premio Strega nel 1997 con il romanzo Microcosmi e il Premio Principe delle Asturie nel 2004 nella sezione Letteratura e nel 1999 gli vengono assegnati il Premio Chiara alla carriera e il Premio letterario Giuseppe Acerbi, Premio speciale per la saggistica. Scrive per il «Corriere della Sera». È tornato alla saggistica con Utopia e disincanto (1999), raccolta di brevi saggi e articoli giornalistici scritti tra il 1974 e il 1998; L’infinito viaggiare (2005), sorta di diario, tra racconto e riflessione, che riprende il tema del viaggio; La storia non è finita (2006), scritti su etica, politica, laicità, dialogo e tolleranza. Tra le opere narrative anche Alla cieca (2005). Magris è anche autore di teatro, per il quale ha scritto Stadelmann (1988), La mostra (2001) e il monologo Lei dunque capirà (2006). Da ricordare anche il saggio, scritto in collaborazione con Angelo Ara, Trieste. Una identità di frontiera (1982), affettuoso ritratto della propria città natale.
Del 2007 Un altro mare (Garzanti); del 2008 La storia non è finita. Etica, politica, laicità (Garzanti), Alfabeti. Saggi di letteratura (Garzanti); del 2009 il saggio Il mito asburgico nella letteratura austriaca moderna (Einaudi). Nel 2010 ha pubblicato con Stefano Levi della Torre Democrazia, legge e coscienza (Codice edizioni). Nel 2011 esce per Garzanti Livelli di guardia. note civili (2006-2011); nel 2015 pubblica La letteratura è la mia vendetta insieme con Mario Vargas Llosa per Mondadori e Non luogo a procedere per Garzanti. Con Non luogo a procedere vince la classifica di qualità de «la Lettura» e viene eletto autore dell'anno 2015. Nel 2016 a Praga ha ricevuto il Premio Kafka dalla commissione designata dalla Franz Kafka Society, dedicato agli autori tradotti in ceco che si distinguono per "alti meriti letterari" e per "capacità di coinvolgere il lettore". Nel 2019 esce per Garzanti Tempo curvo a Krems e riceve il Premio Speciale della Giuria del Premio Dessì, a cui segue nel 2020 Croce del Sud.Tre vite vere e improbabil (Mondadori).
Nel 2019 a Magris viene attribuito anche il Premio Napoli “Scrittori per l’Europa”. Nel 2021 riceve il Premio De Sanctis alla Carriera, nello stesso anno gli viene attribuito anche il Premio Internazionale Dialoghi sull’uomo.