Scrittrice americana.

Figlia unica di Edward F. O'Connor e Regina Cline O'Connor, al padre fu diagnosticato un lupus eritematoso sistemico per il quale sarebbe morto quando Flannery aveva solo 15 anni.
La ragazza si trovò quindi ad affrontare il peso della perdita del padre e contemporaneamente dovette prendere coscienza delle conseguenze della malattia, che si trasmette per via ereditaria.

All'età di sei anni, Flannery era riuscita ad insegnare a un pollo a camminare all'indietro. Esiste un filmato che documenta l'esibizione pubblica, che fu per la ragazza una prima occasione - seppure decisamente sui generis - di notorietà. Un'occasione, quella, a proposito della quale la scrittrice avrebbe avuto a dire, anni dopo, "C'ero anch'io con il pollo. Ero là solo per assisterlo, ma fu il momento culminante della mia vita. Tutto quello che è accaduto dopo, è stato solo un anticlimax".

Frequentò la Peabody Laboratory School, presso la quale conseguì un diploma nel 1942. Fu ammessa poi al "Georgia State College for Women" (oggi "Georgia College and State University") per seguire un corso della durata di tre anni. Si laureò in sociologia nel giugno del 1945. Nel 1946 venne ammessa a far parte del prestigioso Iowa Writers' Workshop.

Nel 1949 conobbe Robert Fitzgerald (traduttore dal greco di opere teatrali e poemi) e accettò l'invito di trasferirsi con lui e la moglie Sally a Redding, nel Connecticut.

Nel 1951 le fu diagnosticato il lupus.
Fece quindi ritorno alla fattoria di famiglia, chiamata "Andalusia", a Milledgeville. Le aspettative di vita che le erano state indicate erano attorno ai cinque anni, ma lei visse per quasi 15. A Milledgeville allevava pavoni, e arrivò ad averne un centinaio. Descrisse i suoi pavoni in un saggio intitolato “The Kings of Birds”.

Flannery O'Connor era cattolica. Fu appassionata lettrice e conoscitrice della Summa teologica di Tommaso d'Aquino. Occasionalmente, tenne conferenze ad argomento religioso e letterario, compiendo lunghi viaggi a dispetto delle sue precarie condizioni di salute.
Intrattenne una fitta corrispondenza epistolare con scrittori (ricordiamo , fra gli altri, Robert Lowell e Elizabeth Bishop).
Non si sposò mai.

Flannery O'Connor ci ha lasciato un corpus di 32 racconti (genere - quello delle short stories - del quale oggi è riconosciuta fra i sommi maestri), 2 romanzi (La saggezza nel sangue, 1952, e Il cielo è dei violenti, 1960), alcune prose e più di 100 recensioni di libri (scritte per giornali locali).
Morì al "Baldwin County Hospital" il 3 agosto 1964, all'età di 39 anni.
È sepolta a Milledgeville, Georgia, al Memory Hill Cemetery.