Dal 2004 porta avanti una intensa attività come scrittore e giornalista fino a che, nel 2006, vince il concorso "Scrittomisto" della editrice RGB ed esordisce con la prima versione del libro Personaggi precari.
Nel 2007 fonda il progetto SIC, Scrittura Industriale Collettiva che lo porterà a pubblicare, nel 2013, il romanzo storico In territorio nemico (Minimum Fax).
Nel 2008 pubblica Gli interessi in comune (Feltrinelli) e nel 2011 Se fossi fuoco arderei Firenze (Laterza).
Sempre nel 2011 esce L'ascensione di Roberto Baggio (Mattioli 1885), scritto a quattro mani col drammaturgo Matteo Salimbeni e nel 2012 pubblica il romanzo breve Tutti i ragni (:duepunti).
Nel 2013, dopo aver pubblicato la versione definitiva di Personaggi precari (Voland), si cimenta nella scrittura di Terra ignota, suo primo romanzo fantasy.
Nel 2015 è la volta di Le figlie del rito, secondo volume della trilogia, che esce per Mondadori. Tra gli altri suoi libri si ricordano: La stanza profonda (Laterza  2017), L'impero del sogno (Mondadori 2017) e I fratelli Michelangelo (Mondadori 2019). 
Firma i testi fantastici aggiungendo al suo nome la sigla HG - Humanis generis, come da titolo di un romanzo di Guido Morselli - per sottolineare che si tratta di un percorso parallelo e diverso da quello degli altri suoi romanzi.
Santoni scrive sulle pagine culturali del «Corriere della Sera» e sul dorso toscano dello stesso giornale. Ha pubblicato racconti, saggi e reportage su «Internazionale», «Linus», «il manifesto», «Mucchio Selvaggio», «Vice», «Orwell», «Le parole e le cose», «Nazione Indiana», «Carmilla», «Nuovi Argomenti», «Alfabeta2», «minima&moralia», «Rolling Stone», «pagina99» e in varie raccolte.