Ex-responsabile del Piano generale dei trasporti approvato nel 1986 e dell'aggiornamento del 1991, Incalza è stato per sette anni amministratore delegato della Treno Alta Velocità (TAV). Nei primi anni Duemila ha collaborato alla realizzazione delle reti TEN – T (Trans European Network), e dal 2008 al 2014 è stato responsabile dell'attuazione del programma delle infrastrutture strategiche contenuto nella Legge obiettivo.
Nel 2015 è stato arrestato e poi rilasciato per l'inchiesta sulla corruzione negli appalti che generò le dimissioni di Maurizio Lupi dal Ministero delle Infrastrutture e dei Trasporti, mentre nel 2016 è stato assolto da tutte le accuse nel processo relativo alla TAV di Firenze.
Con l'editore Marsilio ha pubblicato nel 2005 La mobilità. Una occasione per produrre ricchezza (con Ida Tramonti) e nel 2016 Programmare e/è pianificare. Una lunga storia critica.