Ethan Burke è un agente dei servizi segreti assegnato alla sezione di Seattle che conduce delle ricerche per scoprire la verità dietro la scomparsa di due agenti federali, Bill Evans e Kate Hewson. Le sue indagini lo portano nella tranquilla città di Wayward Pines: belle case, prati curati, bambini che giocano senza pericolo per le strade. Ma non tutto è come sembra...)