Il 23 febbraio del 1961 nasce a Padova la Marsilio Editori S.r.l., il cui nome è un chiaro omaggio all'illustre pensatore e giurista ghibellino Marsilio da Padova.
Un gruppo di amici appena laureati, provenienti da discipline diverse, decide di continuare a svolgere attività culturale attraverso «il libro», strumento ideale per diffondere le idee in cui si crede.
Giulio Felisari, Toni Negri, Paolo Ceccarelli e Giorgio Tinazzi partono con un intento preciso: cercare e creare strumenti che contribuiscano a definire quel progetto politico di riforme che l'Italia sembra aver deciso di affrontare. Sono anni di fermento, in cui il dibattito ideale e ideologico è particolarmente vivace e pronto ad aprirsi a nuovi temi e a nuove discipline.
Gli ex-studenti rimangono legati all'Università e inizialmente si occupano di architettura e di cinema, di filosofia e di psicologia: discipline, queste che ancora oggi sono fortemente presenti nella produzione di Marsilio.
Nel 1965 la casa editrice diventa una società per azioni, aprendo le porte a nuovi soci e raccogliendo quei fondi e quelle idee indispensabili per una gestione professionale del progetto originario. Nel 1969 Cesare De Michelis prende le redini di Marsilio. Sotto la sua guida comincia una fase di espansione che vede la narrativa entrare a far parte della produzione editoriale, puntando soprattutto sin da allora su giovani autori esordienti a cui è dedicata la collana "In letteratura". Vengono pubblicati titoli di successo e nasce una nuova collana dal titolo "Interventi" in cui compaiono libri di riflessione politica.
Negli anni Ottanta Marsilio registra una progressiva crescita sviluppando la propria attività in diversi settori di intervento; particolare attenzione è prestata ancora alla narrativa: nel 1987 De Michelis dà vita a "Primo Tempo", una collana dedicata a narratori esordienti che conferma l'immagine della casa editrice scopritrice di nuovi talenti. Nel 1991 la produzione editoriale viene definitivamente organizzata sulla base di quattro settori che la caratterizzano ancora oggi: i classici delle letterature riuniti nella "Letteratura Universale Marsilio"; la narrativa contemporanea, la saggistica (comprendente collane di architettura e urbanistica, cinema, musica, storia dell'arte, critica letteraria, psicologia e psicoanalisi), i libri illustrati.
Nel 1994 per rispondere alle nuove esigenze di mercato nascono collane tascabili, tra queste quella dedicata ai "Grandi Classici" che offre i capolavori del passato in nuove traduzioni. Negli ultimi anni Marsilio si è impegnata nel consolidamento dei quattro filoni editoriali che le sono peculiari ottenendo numerosi premi e riconoscimenti da parte della critica e una crescente attenzione da parte del pubblico. Una significativa attenzione è stata rivolta alla poesia (anche dialettale) ai temi di attualità (cui sono dedicate le collane "I grilli" e "Idee d'Europa") e ai gialli riuniti nella collana "Farfalle". In particolare nell'ultimo periodo ha riscosso particolare successo la serie di gialli svedesi denominata "Giallosvezia", che vanta nel proprio catalogo scrittori best-seller quali Stieg Larsson (autore della "Millennium Trilogy"), Henning Mankell, Camilla Läckberg, Liza Marklund, Åsa Larsson.