Autore di manga celebrati come L'uomo che cammina, Allevare un cane e altri racconti, In una lontana città, Quartieri lontani, La vetta degli dei, I giorni della sposa e La montagna magica.
Ha cominciato a lavorare come assistente di Kyota Ishikawa, nell'ultimo periodo della produzione del mangaka.
Il debutto in proprio come autore di fumetti risale al 1970, quando esordisce con Kareta Heya (Un'estate secca), che viene pubblicato sulla rivista Young Comic.
Tra il 1976 e il 1979 è autore di molti fumetti hard boiled assieme allo sceneggiatore Natsuo Sekigawa, tra i quali ricorderemo City without defense, The wind of the west is white e Lindo 3. Dal 1983 al 1991, Taniguchi e Natsuo Sekigawa producono la trilogia Bocchan no jidai (Ai tempi di Bocchan). Negli anni novanta lavora a diverse serie, come Blue fighter (assieme a Garon Tschuya), Knuckle wars e Live! Odissey.
Nel 2001 dà vita alla serie Icaro, su testi di Moebius. Il lavoro di Taniguchi ha vinto molti riconoscimenti, nel corso degli anni. Fra gli altri, ricorderemo Osamu Tezuka Culture Award (1998) per la trilogia Ai tempi di Bocchan, il premio Shogakukan per Inu wo kau e, nel 2003, l'Alph'art per la miglior sceneggiatura al Festival del fumetto internazionale di Angoulême.
I suoi lavori sono stati tradotti in molte lingue, in particolare in Italia è stato pubblicato da Rizzoli Lizard, Coconino e Panini comics.
È morto l'11 febbraio del 2017 in seguito a una lunga malattia.