La casa editrice Sellerio nasce nel 1969 per opera di Elvira ed Enzo Sellerio, celebre fotografo, in seguito ad alcune conversazioni con lo scrittore Leonardo Sciascia e l'antropologo Antonino Buttitta: i quattro sono amici e tra i protagonisti della vita culturale palermitana.
L'idea che sta alla base della casa editrice è il ritorno a una cultura che Sciascia definisce «amena», cioè in cui il cosiddetto impegno è implicito e non esplicito: una cultura della leggerezza, che non rinuncia all'eleganza; una cultura delle idee, sì, ma in forma di cose belle.
La prima collana Sellerio si chiama "La civiltà perfezionata", realizzata in carta pregiata, e pubblica testi di «belle lettere». Sono testi caratterizzati da due linee apparentemente parallele, ma in realtà convergenti: la letteratura siciliana, e la letteratura europea meno nota e più raffinata.
I due primi titoli sono Mimi siciliani del nobile letterato Lanza e Lettere sulla Sicilia di Eugène Viollet Le Duc.
Nei primi anni la casa editrice deve fare i conti con una scelta: pubblicare per un pubblico ristretto o aprirsi al mercato nazionale. Per questo motivo, nel 1976, nascono due collane di saggistica: "Biblioteca siciliana di storia e letteratura" e "Prisma".
Nel 1978 viene quasi casualmente pubblicato il primo classico libro Sellerio, L'affaire Moro di Sciascia. Pubblicato in una collana per pochi com'è "La civiltà perfezionata", vende moltissimo. È un libro di denuncia, senza parrocchie, coraggioso, scritto nella prosa magnifica di Sciascia.
Nell'autunno del 1979 nasce la collana "Il blu della Memoria". Prima di tutto la grafica: è una piccola rivoluzione, nel grigiore metallico delle copertine di quegli anni l'irrompere della macchia blu, della carta vergata, dell'immagine pittorica figurativa al centro della sovraccoperta, dentro una cornicetta colorata che richiamava il colore delle lettere del titolo. Il libro torna ad essere anche un oggetto elegante, anche per quel suo formato tendente al quadrato, studiato per essere su misura per la tasca di una giacchetta. Un'unica legge per i contenuti: la curiosità intelligente che il libro doveva comunicare al lettore, resa con stile letterario. Leggerezza. Una collana «amena», appunto. Con Diceria dell'untore di Gesualdo Bufalino - meritatissimo Campiello nel 1981 - la casa editrice segna un cambiamento anche nella cultura italiana.
Nel 1990 esce un librettino. Racconta di un commissario di polizia che indaga su un torbido delitto, nel passaggio dalla Repubblica di Salò alla Repubblica italiana. Il commissario, De Luca si chiama, è un funzionario del regime fascista onesto e molto scettico. Sembra il primo giallo «revisionista», in quanto presenta il volto umano di un'epoca e un momento storicamente perversi. Ma il suo autore ha abbastanza cultura, talento e onestà intellettuale per far argine a quello che potrebbe essere uno scandaluccio e per farne un caso letterario. Con Carta bianca di Carlo Lucarelli si può dire che nasca un nuovo genere di giallo italiano.
Gli anni 2000 per Sellerio sono stati gli anni di un'esperienza nuova: i cinque milioni di copie di libri di Camilleri prodotti a Palermo e venduti in Italia, più i diritti di traduzione ceduti fino al Giappone. Negli ultimi anni per Sellerio hanno pubblicato autori nazionali e internazionali del calibro di: Margaret Doody, Penelope Fitzgerald, Roberto Bolaño, Gianrico Carofiglio, Alicia Giménez-Bartlett, Marco Malvaldi, Francesco Recami, Antonio Manzini.